審計部臺灣省屏東縣審計室(以下簡稱屏東縣審計室)調查發現，近年來屏東縣琉球鄉觀光旅遊蓬勃發展，惟例假日遊旅人潮湧現，長時候船引發民怨，且小琉球島旅遊人潮急速成長致環境負載倍增，經促請屏東縣政府檢討改善，該府已實施電子預售票務系統，並加入新船營運載客，及增設遊客總量管制示範區，有助疏解遊客流量，保護海洋生物族群數量，兼顧觀光發展及維護自然生態環境。
屏東縣琉球鄉四面環海，仰賴船運往返臺灣本島補給物資及聯繫居民對外交通。小琉球具有獨特珊瑚礁地形及豐富海洋生態景觀，吸引大量遊客湧入。屏東縣審計室查核發現，據統計民國(下同)94至102年間每年往返東港及琉球之人數由74萬餘人次大幅攀升至203萬餘人次，假日期間遊客日平均人次甚至破萬，常有民眾排隊等候買票及搭船時間長達2至3小時之情況，影響旅遊興致及品質；另該鄉人口密度在屏東縣境內僅次於屏東市，假日期間遊客大量湧入，造成環境負載倍增，影響島民生活作息及衝擊自然生態環境，經函請屏東縣政府研謀改善。
嗣經屏東縣審計室追蹤屏東縣政府後續改善情形，該府已於103年7月間設置漁埕尾潮間帶遊客總量管制區，限制同時間內進入管制區人數上限為300人，以保護小琉球海洋生態；另東琉線電子預售票務系統自103年9月1日起開放民眾線上訂票劃位，並加入2艘新船載客，期能疏解遊客人潮，同時兼顧觀光發展及維護自然生態環境。