審計部高雄市審計處(以下簡稱高雄市審計處)查核發現，旗美污水處理廠經內政部營建署(以下簡稱營建署)興建完成後，延宕多年閒置未用，經前高雄縣政府於民國(下同)99年接手管理，數次辦理後續廠區整建及修繕，仍有水患防護措施不足，管線老舊滲漏風險高等情事，經函請檢討改善，污水處理廠業於103年9月試運轉啟用，有效改善水質。
旗美污水處理廠(以下簡稱處理廠)係營建署於94年興建完成，建設經費約3億2,758萬餘元，原設計每日污水處理量為12,000噸，前高雄縣政府為配合處理廠營運，完成旗山美濃污水主幹管、截流井、揚水站等設施，並陸續進行污水下水道用戶接管工程，惟處理廠於竣工尚未移由該府管理，即因風災淹沒，全廠機械設施無法運轉，俟營建署於97年修復後，又因卡玫基等颱風來襲毀損。高雄市審計處102年9月調查發現，前高雄縣政府於99年接手管理處理廠，雖獲營建署補助2億7,075萬餘元及自籌經費3,692萬餘元再辦理處理廠災後改善整建工程，並參酌當地用戶接管情形，重行推估及調整每日污水處理量最高為8,000噸，惟該廠位處易淹水地區，且歷經多次颱風均遭淹沒，水患防護措施不足；又部分下水道管線設施，因處理廠風災受損而閒置，致管線老舊，管材又屬易碎材質，滲漏風險高等情事，經函請高雄市政府水利局(高雄縣市合併後接辦機關)研謀改善。
嗣經高雄市審計處賡續追蹤高雄市政府水利局改善結果，該局已加強處理廠之水患防護，強化排水渠道，並更新機械設備改採沉水或防水設計，而電力路線及供電設施則採密水或置於高程方式，加裝防水檔板及改建窗戶高度；積極執行既有管線檢視及修繕作業，業於103年9月試運轉啟用，每日可處理4,000噸民生廢污水，有效改善目前每日民生廢水約3,380噸，減低排入河川造成污染之風險，發揮環境保護功能。