審計部交通建設審計處查核發現，高速公路實施計程收費初期，由於少數門架發生異常交易，造成部分通行費無法收取，又交通部臺灣區國道高速公路局(下稱高公局)建置之「報表系統平臺」未設計系統分析功能，稽核機制有待強化。經通知檢討有效降低異常交易量，並建置資料分析功能，以確保系統穩定而有效運作。
高公局為使高速公路用路人在不需停車的情況下，完成通行費繳納事宜，於民國（下同）96年委託遠通電收股份有限公司(下稱遠通公司)，辦理高速公路電子收費系統(ETC)之建置、營運及維護等工作，又基於使用者付費公平原則，於國道沿線設置313座門架，自103年1月2日起實施計程收費，截至2月底止，交易量高達8億106萬餘筆。交通建設審計處查核發現，2月1日楊梅路段攝影設備故障，造成7,355筆通行費無法追討，又通報系統未出現相關紀錄，影響修復時效；木柵及三重路段，因車輛跨車道行駛及塞車情形嚴重，觸發多筆交易，使得無效交易量有偏高情形；另攝影設備補光不足致無法追討交易，計有10,396筆，應由遠通公司補足通行費；楊梅路段12座門架，可收費成功率略低於業者「投資計劃書」之標準，因此通知該局改善，並建議該局增設資料分析功能，以即時掌握異常交易資訊，進行事故排除。
交通建設審計處追蹤高公局改善結果，業經汰換故障之攝影設備，通行費無法追討之交易筆數已自103年2月之272,970筆，大幅降至同年6月之83,019筆；且設備經調校後，亦有效降低跨車道及塞車衍生之無效交易，使系統運作更趨穩定；收費成功率未達標準及攝影設備補光不足無法收取之通行費，已由遠通公司補足差額；另高公局將建置門架資料分析功能，以掌握系統異常資訊，使系統運作更趨穩定。