臺南市淺海牡蠣養殖數量近3年增加約5成，有限水域放養蚵棚過密，且臺南市政府農業局對於蚵棚之回收及遺失申報作業控管機制未臻嚴謹，致廢棄蚵棚及保麗龍浮具污染海岸生態環境，經審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)函請檢討改善。該局經加強蚵棚之回收，民國(下同)102年申報放養之蚵棚回收率已達97.26％，並訂頒「臺南市浮筏式牡蠣養殖漁業管理規範」，以總量管制方式調控放養數量。
臺南沿海為臺灣主要牡蠣產地，蚵農每年11、12月間以浮筏放養於近海，翌年3至6月採收。據該府農業局統計資料，100至102年申報放養蚵棚分別為6,373、8,124及9,472架，3年間增加約5成，有限水域養殖過密，導致牡蠣生長遲緩、品質不佳及後期量多滯銷價跌等情事。此外，因該局對於蚵棚回收及遺失申報作業控管機制未臻嚴謹，致廢棄蚵棚及作為浮具之保麗龍剝落破損，嚴重污染海岸生態環境。案經臺南市審計處函請該局檢討改善。
案經該府農業局推動「落實蚵棚回收」及「放養源頭管理」兩大措施，在落實蚵棚回收方面，經加強回收稽查作業，輔以補助及裁罰並行措施，102年申報放養蚵棚9,472架，103年度回收9,212架，回收率已達97.26％；在放養源頭管理方面，於103年8月18日訂頒「臺南市浮筏式牡蠣養殖漁業管理規範」，明定以總量管制方式調控放養數量，蚵農應每年申請放養棚數，經該府核准始得放養，另放養蚵棚數量以申請年前3年度核准最高放養棚數為限，若回收率未達100％者，於次年折減放養量，以此規範養殖漁民配合設施回收，當有助於海洋資源之永續利用及減少海岸生態污染。