審計部臺灣省屏東縣審計室(以下簡稱屏東縣審計室)查核發現，屏東縣轄區內部分農業用地變更為非農業使用，惟屏東縣政府稅務局未及時清查並依規定改課地價稅，且部分工廠房屋稅核課優惠稅率面積逾合法登記面積等，經函請檢討改善，該局業已加強地方稅清查稽核機制，補徵民國(下同)101至103年9月底止地價稅及房屋稅款計1,123件、金額629萬餘元。
依財政部80年11月28日台財稅第800421421號函釋，原屬符合土地稅法第22條規定課徵田賦(自76年7月起停止徵收)之土地，部分變更為非農業用地使用，依法應改課地價稅者，應按其實際使用面積，分別課徵田賦及地價稅。房屋稅條例第15條第2項規定，合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋，其房屋稅減半徵收。惟屏東縣審計室查核發現屏東縣政府稅務局對於轄區內部分農地變更為非農業用地使用，未及時清查依規定改課地價稅；工廠房屋稅核課優惠稅率面積逾合法登記面積，致流失稅基等情事，經函請該局查明妥處並加強地方稅清查稽核機制。
嗣經屏東縣審計室追蹤屏東縣政府稅務局改善情形，該局已就未符合優惠稅率之農地、房屋及廠房，改按一般稅率課徵地價稅及房屋稅，補徵101年至103年9月底止計1,123件、金額629萬餘元；另於103年2月21日訂定農地違規清查作業計畫持續查核中，並加強與屏東縣政府工商、農業等主管機關課稅資料之勾稽查核機制，以維護租稅公平性。