審計部臺灣省嘉義縣審計室(以下簡稱嘉義縣審計室)查核發現，嘉義縣公共汽車管理處營業收入不佳，人事費居高不下，致連年虧損，經函請檢討改善，嗣經該處施行改善營運方案，民國(下同)102年度營運業轉虧為盈。
嘉義縣公共汽車管理處營業收入不佳，人事費居高不下，連年產生虧損。經嘉義縣審計室查核發現，該處公車行駛偏遠山區路線，兼負照顧偏鄉縣民交通服務，暨部分路線與民間業者競爭力不足，而影響營業收入，且人事費未能有效抑減，較同業為高，長年營運收入不敷成本支出，持續發生虧損，其中94至96年度虧損分別達3,708萬餘元、4,050萬餘元及3,820萬餘元，其組織及員額編制、作業流程及服務品質均待有效控管，經函請檢討，研謀具體改善方案，以提升經營績效。
嗣經嘉義縣審計室追蹤改善結果，嘉義縣公共汽車管理處於97年起陸續實施組織再造方案，訂定「嘉義縣公共汽車管理處契約勞工待遇支給要點」，聘僱新進員工以降低人事成本，裁併機料課及梅山站等以簡化組織及作業流程，建置公車動態資訊及車隊管理資訊系統控制行車秩序，推展套裝及客製化旅遊行程服務，並增開阿里山線、奮起湖線班車以充裕營收等改善措施。近5年度(98至102年度)營業收入增幅達39.41％、用人費用減幅達20.90％，營運成效已逐步改善，102年度營運收支結果，產生純益155萬餘元，10年來首度轉虧為盈；103年度截至6月底止，亦產生純益51萬餘元。