審計部調查發現，中央各機關非稅課收入匯款繳庫作業自實施以來運用比率偏低，且尚待研訂各機關辦理相關作業之規範，經函請財政部研酌改善後，財政部已函請中央政府各機關加強辦理，及訂定相關要點規定供作業遵循。
財政部為減輕金融機構臨櫃代收稅款作業負擔、降低人工作業成本及縮短庫款入庫時程等，推動非稅課收入匯款繳庫作業。審計部於民國(下同)102年查核發現，自民國102年6月5日實施至10月底止，中央政府各機關歲入採匯款方式繳交者計1,425筆，金額約493億餘元，約僅占同期間國庫收入34,467筆之4.13％，金額4,857億餘元之10.15％，比率偏低，顯示匯款繳庫作業推行效益尚待提升；另相關規範未配合匯款繳庫之實施研修繳庫作業及對帳機制等，爰於102年12月函請財政部檢討改善。
審計部追蹤結果，財政部已發函請中央政府各主管機關轉請所屬機關配合辦理，及宣導繳款人善加運用，自審計部通知後(103年1月)至103年8月31日止，採該方式繳庫筆數8,020筆，金額約340億餘元，估計約節省2百餘萬元利息；連同102年度辦理者，累計繳庫筆數計10,562筆，金額約2,077億餘元，估計約節省1千8百餘萬元利息；另已訂定「中央政府各機關非稅課收入匯款繳庫作業要點」，以供相關機關作業遵循。