審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府稅務局(下稱稅務局)民國(下同)102年度徵課作業，核有部分土地、房屋或車輛已不符優惠稅率計徵條件，而仍以優惠稅率核課，經促請檢討改善，該局已依法補徵，增加稅收1,048萬餘元。
依相關稅法規定，非都市土地或都市土地農業區、保護區範圍內仍作農業使用之土地，課徵田賦(目前停徵)；合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋，其地價稅及房屋稅以優惠稅率計徵；供持有身心障礙手冊或證明之本人或同戶親屬所有且供該身心障礙者使用之車輛，免徵使用牌照稅；其餘未符優惠稅率計徵條件者，應依法課稅。稅務局102年度之徵課作業，經臺南市審計處查核發現，部分課徵田賦之土地，其地上農舍已增(擴)建或非供農業使用或有營業事實，另部分依優惠稅率計徵房屋稅之廠房面積大於合法登記之建物樓地板面積，及部分免稅車輛因身心障礙者逾後續鑑定日期、死亡、戶籍遷出等，已不符免稅資格惟仍予優免計徵等情事，經函請該局查明妥為處理。
嗣經臺南市審計處追踨稅務局改善結果，該局已就未符優惠稅率之土地及廠房，依規定開單補徵稅款，並追繳補徵未符優惠稅率之使用牌照稅，截至103年5月底止，共計補徵769件、金額1,048萬餘元，以維護租稅公平正義。