審計部臺灣省南投縣審計室(以下簡稱南投縣審計室)於民國(下同)102年10月間查核發現，南投縣政府稅務局查定工業用地及自用住宅用地地價稅時，間有對不符規定案件，仍核予優惠稅率計課者，經函請檢討改善，該局業已補徵102年度地價稅計26件，增加稅收261萬餘元，並將加強勾稽查核機制。
依土地稅法第16條、第17條及第18條規定略以，一般用地地價稅基本稅率為10‰，超過累進起點地價者，按累進稅率課徵；自用住宅用地按2‰計徵地價稅；工業用地，按10‰計徵地價稅，至實際面積超過工廠登記面積者，超過部分應按一般用地稅率課徵。南投縣審計室派員調查南投縣政府稅務局辦理工業用地及自用住宅用地地價稅核課作業，發現該局未與南投縣政府工廠及民宿登記等相關資料勾稽核對，致有工業用地地價稅適用核課優惠稅率10‰之實際面積超過工廠登記面積部分，未按一般用地稅率課徵；有經營民宿事實者用地按自用住宅用地稅率核課等情事，經函請該局查明妥處及檢討改善。
南投縣審計室經追蹤南投縣政府稅務局改善結果，該局已於103年1月至8月就未符合優惠稅率之土地進行清查，改按一般用地稅率課徵地價稅計26件，補徵稅款261萬餘元，嗣後將加強與南投縣政府工廠及民宿登記等相關資料勾稽核對，以維護租稅公平性。