審計部審核發現，近年政府財政困難，仍持續匡列鉅額預算捐助財團法人，公共資源配置之經濟性迭受質疑，亟待適切管控，嗣經建請行政院主計總處研謀改善，該總處已修正預算籌編原則，促請中央及地方政府各機關檢討相關捐助之合理性及必要性。
政府為達成公益目的，爰以捐助財團法人方式推行政策，截至民國102年度止，中央政府各主管決算列有152家政府捐助之財團法人，基金總額2,423億餘元，其中政府捐助基金1,940億餘元，占80.07％，又該等法人民國102年度接受政府捐助日常運作經費約307億餘元。經審計部審核發現，部分政府捐助之財團法人業務項目與政府施政措施雷同，或業經政府納入年度施政計畫辦理，或與一般民營公司相同，或與其他財團法人性質重疊，並有營運規模萎縮，財產不足以清償債務等情事，除公共資源配置之經濟性迭受質疑外，能否達成政府原捐助目的，亦有待商榷。經建請行政院主計總處嚴密審核政府機關捐助財團法人概算，健全就源監理機制。
嗣經審計部追蹤行政院主計總處研辦情形，該總處已於「104年度中央及地方政府預算籌編原則」第4點第16款，增訂中央及地方政府各機關應積極檢討捐助財團法人之合理性及必要性，以減輕政府財政負擔之規定；又該總處未來審查各主管機關年度概算及預算案時，將就主管機關對財團法人補(捐)助情形加強檢視控管；並已函請地方政府依其所訂相關機制或參照行政院函頒「政府捐助之財團法人財務監督要點」等規定，加強檢視控管對財團法人之捐助情形，俾提升政府整體財政效能。