審計部臺北市審計處（下稱臺北市審計處）查核發現，臺北市稅捐稽徵處（下稱稅捐處）核課使用牌照稅，未符規定條件仍核予免稅，或應補稅及裁罰而漏未課徵等檢核機制未臻健全情事，經促請檢討改善後，該處已依法補徵稅額及裁罰計681件，金額1,717萬餘元，並將強化勾稽查核機制。
依使用牌照稅法規定，對於專供持有身心障礙手冊，並領有駕駛執照者使用之車輛，每人以1輛為限。但因身心障礙情況，致無駕駛執照者，每戶以1輛為限；逾期未完稅之交通工具，於滯納期滿後，及報停、繳銷或註銷牌照之交通工具，使用公共水陸道路經查獲者，應予補稅及裁罰。經臺北市審計處查核發現，稅捐處辦理使用牌照稅核課情形，核有：身心障礙者因資格不符、死亡、戶籍遷出、已逾後續鑑定日期等，已不符合免稅規定，惟該處未取消車輛免稅之註記；又滯納期滿未完稅及牌照狀態為停用、註(吊)銷之車輛因行駛高速公路電子收費系統車道、經交通違規遭拖吊，領回繼續使用公共道路，惟該處未依法補徵及裁罰，致有漏未課徵使用牌照稅情事，經函請查明妥為處理並加強查核機制。
嗣經臺北市審計處追蹤稅捐處改善結果，民國103年1月16日至4月22日止，該處已就註記身心障礙者資格未符合免稅規定之車輛，改按一般稅率課徵，依法補徵稅額121件，金額200萬餘元；逾期未完稅於滯納期滿後，報停、繳銷或註銷牌照，使用公共水陸道路之車輛，依法補徵稅額及裁罰560件，金額1,517萬餘元，共計681件，金額1,717萬餘元；並運用交通部臺灣區國道高速公路局及臺北市停車管理工程處等資料，加強定期進行資料勾稽比對，覈實課徵，以維護租稅公平正義。