審計部交通建設審計處查核發現，交通部臺灣鐵路管理局（下稱臺鐵局）辦理「環島鐵路整體系統安全提昇計畫」，迄計畫期程屆期，仍有車站整體更新工程、橋梁更新工程、潛在高風險脆弱路段強化工程、通訊及號誌系統可靠度提昇及電力系統更新等5項分項計畫未完成工作內容，無法達成減少危險橋梁、強化軌道結構、改良通信與號誌設備及消除5處平交道等4項預期效益。經函請檢討改善後，該局已針對前置作業、履約管理及採購程序等階段，擬具相關改善措施。
臺鐵局為建構安全與防災環境及提升旅客乘車品質，辦理本項計畫，總經費149億4,900萬元，執行期程為民國（下同）98至101年度。經審計部交通建設審計處查核發現，該局未縝密分析評估各項計畫之可行性及前置規劃設計欠周，致部分工程需更改原規劃施作方式，大幅增加經費；未依規定提報公共工程計畫經費審議，即辦理各項工程發包及施工，復未依原核定計畫內容執行，逕行增減部分工程項目；部分工程停辦或施工進度延宕，執行效率偏低，且進度控管作業流於形式等未盡職責及效能過低情事，經依審計法第69條規定，於102年9月25日函請交通部妥適處理，並報告監察院。
嗣經審計部交通建設審計處追蹤臺鐵局改善結果，該局除議處相關失職人員外，並強化前置與履約各階段管理，及追究廠商規劃設計責任，截至103年6月底止，已扣減規劃設計費為88萬餘元，另設計錯誤求償之金額為1,657萬餘元(仲裁中)；落實年度施政計畫執行，提升管理績效及施政品質，後續將於計畫中訂定計畫經費及期程查核點及檢討點等；及首次於早餐會報中追蹤檢討業務辦理情形等改善措施，且改善後截至103年6月底止，執行進度已達99.86％。