審計部查核發現，法務部所屬各檢察機關依刑事訴訟法規定，命被告支付緩起訴處分金或認罪協商判決金予公庫、公益團體、地方自治團體，其中三公益團體未支用餘額持續偏高（101年度9億7,127萬餘元；102年10億3,837萬餘元），資源未能有效利用，且相關審核及監督機制未盡落實，經多次函請法務部研謀改善，並於中央政府總決算審核報告揭露，獲立法委員重視，提案修正第253條之2、第455條之2相關條文，並經立法院院會三讀通過。
法務部所屬各檢察機關依刑事訴訟法第253條之2第1項第4款及同法第455條之2第1項規定，得命被告支付緩起訴處分金及認罪協商判決金予公庫、公益團體、地方自治團體。據法務部統計截至民國102年底止，各地檢署命被告支付緩起訴處分金累計金額計105億8,576萬餘元，其中支付國庫46億7,528萬餘元，犯罪被害人保護協會、更生保護會及榮譽觀護人協進會等三公益團體(以下簡稱三公益團體)54億8,260萬餘元，其他自治團體為4億2,787萬餘元；另命被告向公庫或指定之公益團體、地方自治團體履行支付認罪協商判決金計3億1,578萬餘元，其中支付國庫1億6,641萬餘元，犯罪被害人保護協會、更生保護會及榮譽觀護人協進會等三公益團體9,357萬餘元，其他自治團體為5,579萬餘元(詳圖1、圖2)。
審計部於民國101年度中央政府總決算審核報告，就法務部及所屬檢察機關辦理緩起訴處分金及認罪協商判決金之收支、管理、運用及監督作業情形，提出重要審核意見，其中緩起訴處分金部分包括：1.截至101年底三公益團體未支用餘額8億4,453萬餘元，仍較民國100年度增加，該部未依檢討措施清查繳庫或轉支其他公益團體；2.公益團體提報計畫自籌款未達20％，或無自籌款，仍予審核通過；3.部分公益或地方自治團體運用緩起訴處分金辦理特定對象之服務計畫，未研議辦理相關追蹤機制；4.部分檢察機關緩起訴處分金運用於政府應編列經費或已編列經費補助項目等缺失；認罪協商判決金部分包括：1.部分地方法院逕指定被告支付認罪協商金予特定公益團體，核與規定未符；2.部分公益團體專戶餘額(1億2,673萬餘元)仍高，且間有公益團體帳戶之收支數額及餘額尚有疏漏等缺失。案經立法院立法委員重視，參考審計部上開重要審核意見分別提案，修正刑事訴訟法第253條之2、第455條之2等相關條文，修正要旨為被告向公庫支付一定金額，並得由該管檢察署依規定提撥一定比率補助相關公益團體或地方自治團體，有關提撥比率、收支運用及監督管理辦法，由行政院會同司法院定之。以促進緩起訴處分金及認罪協商判決金支付對象審核及監督機制之透明化，經立法院院會業於民國103年5月20日三讀修正通過。