審計部教育農林審計處稽察發現，科技部新竹科學工業園區管理局(下稱科管局)辦理「矽導竹科研發中心建築更新案計畫」，因未妥為釐清原契約未完成工項之付款情形，造成重複給付工程款之財務違失情事，科技部亦未善盡督導責任，經陳報監察院核辦，業由監察院調查竣事，並糾正科技部及科管局。
科管局為設置「SOC(系統單晶片)設計服務專區」，擇於新竹科學工業園區原飛利浦公司廠房興建矽導竹科研發中心，預計將1萬8,000坪廠房空間改建為複合式智慧型辦公大樓，以彙集園區高科技產業研發能量。該計畫經費5億1,200萬元，經科管局於民國（下同）92年7月間委託國立交通大學（下稱交大）代辦，惟因履約過程承商發生財務問題，交大於93年12月22日終止該契約，並於清點結算後移回科管局接辦後續改善工程，嗣於95年8月2日驗收合格啟用。
審計部教育農林審計處稽察發現，科管局於接辦後，核未妥為釐清原契約未完成工項之付款情形與銜接事宜，致對部分已付款之工程項目，又再支付接辦後續改善工程之廠商同額工程款，造成相同工項重複付款等財務違失。案於101年12月22日陳報監察院調查後，該院業於103年5月15日糾正科技部及科管局（詳監察院公報第2917期）。