審計部教育農林審計處查核林務局國有林地經管情形及雲林縣政府代管保安林地之接管情形，發現有出租造林期滿未續約及國有林地排除占用成效欠佳等情，經函請行政院農業委員會妥適處理，該會已責請林務局研提改善措施並加強列管。
林務局為執行行政院國土復育策略方案暨行動計畫，經辦理國有林事業區及區外保安林地排除占用專案處理計畫，暨各縣市政府代管之區外保安林收回自行管理計畫。審計部教育農林審計處查核發現，林務局對國有林地出租造林及暫准使用租賃期限屆滿，間有未依限完成續約，履約管理有欠積極；接管國有財產署移交之國有林地，因超限利用土地排除改正之權責不清，致部分林地交接作業空轉，無法依計畫造林；廢耕拆除與救助金計畫執行成效欠佳，未能有效遏止新增占用案件發生；未衡酌保安林接管前實況，積極協助並督促雲林縣政府完成接管事宜，致部分代管林地，逾9年仍未完成接管，效能過低。經依審計法第69條規定，於民國(下同)102年7月17日通知行政院農業委員會妥適處理。
案經審計部教育農林審計處追蹤後續改善結果，林務局業已加強列管並研提改善措施，包括：訂定「出租造林地逾期未續約案件處理作業規範」及「國有林地暫准放租建地、水田、旱地解除林地實施計畫」；業與國有財產署研商列管範疇與接管方式，並研訂相關管考措施，以有效處理列管之超限利用土地；為提升國有林地排除占用成效，已分年分期訂定計畫目標，並採逐月列管方式，督促所屬林區管理處積極排除占用；協助雲林縣政府辦理各項作業，預定於105年完成保安林內所有測量及租約接管工作。另迄至103年3月31日止，出租造林及暫准使用租地已完成續約6,713件、面積8,782公頃；已解除及移交國有財產署接管之超限利用土地6,212件、面積5,451公頃；至103年1至3月廢耕拆除與救助金計畫，已排除占用收回358件、面積732公頃。