行政院於民國（下同）89年訂頒駐外機構經費運用制度改進方案，期能提升駐外機構經費運用效能、簡化作業程序，增進外交業務協調功能，外交部並據以修訂各機關駐外機構預算及會計事務處理要點等規定，建置駐外機構會計系統，推動駐外機構經費統籌收付制度，並於中、大型駐外館處派置專任會計人員等。
駐外機構經費統籌收付制度推動情形，經審計部查核發現，民國96至101年度均僅24個駐外館處實施經費統籌收付制度未臻符合駐外機構經費運用制度改進方案規定，經函請外交部持續加強溝通協調，逐步擴大並落實推行經費統籌收付制度。經外交部檢討後，已於102年9月修正「駐外機構經費統籌帳務處理原則」及「駐外機構收付款項作業流程」，並自103年起，擇定增加駐大阪辦事處等32個館處實施經費統籌收付制度。