行政院環境保護署(以下簡稱環保署)鑑於農地污染事件頻仍，且農地污染行為人責任不易釐清，為促使農地儘早恢復土地功用，遂由「土壤及地下水污染整治基金」代為支應農地污染整治相關費用，協助地方政府辦理農地土壤污染改善計畫。經統計截至民國（下同）101年底止，計代為支應臺北市等16個地方政府辦理農地土壤重金屬污染改善、地力回復、剷除銷燬、底泥清除、應變必要措施，及污染改善監督作業，支應金額5億2,626萬餘元。
本案經審計部派員調查結果，核有：（一）部分農地控制場址列管多年，未積極提報污染控制計畫進行農地整治；又解除列管農地因未能有效杜絕污染來源，致農地再次遭受污染；（二）農地污染僅側重後端整治工作，且未針對所訂放流水標準較灌溉用水水質標準寬鬆，妥適研修相關標準；對新興污染物亦未妥為研議管控機制，致農地迭遭質疑受污染；（三）對污染農地整治雖訂有考核機制，惟未將各類列管場址單獨考評，致未能發揮成效；又督導考核作業未臻確實，致未能控管地方政府有無辦理巡檢與定期監測作業、及資料正確性等；（四）環保署未積極釐清與確認受污染農地與農田水利會之關聯性，影響對潛在污染人之求償作業，致代為支應之清理費用3億餘元之請求權已罹於時效等未盡職責及效能過低情事，經依審計法第69條規定，於102年6月27日函請行政院查明妥處，並陳報監察院。另行政院農業委員會（以下簡稱農委會）水利設施相關計畫執行結果，核有農地重金屬污染情形逐年增加等多項缺失，鑑於農地遭污染情事迭有所聞，且攸關民眾食用安全，為杜絕並預防農地土壤遭污染，併同函請行政院督促該會加強管控以杜絕農地土壤再遭污染。
案經監察院立案調查後，於102年12月5日函請行政院督導所屬檢討改進。行政院已邀集農委會、經濟部工業局及環保署等相關單位召開工業廢水搭排於農業灌溉渠道會議，由各部會專責分工，以共同保護灌溉水源水質及農地；另環保署將落實內部管控機制，設置專案人員進行列管，俾以展現代清理費用之求償效益。