臺灣光復初期辦理土地總登記遺有許多權利內容不完整或與現行法令規定不符之地籍問題（例如以神明會、日據時期會社名義登記等土地），因該等問題存在已久，不僅影響土地之有效利用，亦妨礙民眾財產權利之行使。內政部為解決上述地籍問題，爰制定地籍清理條例，經 總統於民國（下同）96年3月21日公布，並於97年7月1日起施行，經依該條例規定清理後，能釐清權利內容及權屬者即重新辦理登記；未能釐清權利內容及權屬者，則由各直轄市、縣（市）政府代為標售或適法處理。
經審計部於本（102）年度查核發現：各直轄市、縣（市）政府依地籍清理條例第14條第2項規定，將代為標（讓）售之土地價金扣除一定比例作為地籍清理獎金或地籍清理行政處理費用(如右表)，惟相關款項收支未依預算法第13條、地籍清理獎金分配及核發辦法第6條等規定納入地方政府預算辦理，經函請內政部檢討確依規定妥處。案經內政部檢討結果，該部已邀集行政院主計總處及各直轄市、縣（市）政府召開會議研商，會中決議請各直轄市、縣（市）政府自103年起，以編列歲入歲出預算或設立基金方式辦理。