經濟部核能發電後端營運基金管理委員會及台灣電力股份有限公司為推動蘭嶼核廢料貯存場相關作業，增進該場與地方之和諧及周遭居民福祉，分別依「核能發電後端營運基金放射性廢棄物貯存回饋要點」及「原住民保留地開發管理辦法」第24條第3項規定，提供臺東縣蘭嶼鄉低放射性廢棄物回饋金及承租該場用地之輔導原住民就業轉業計畫經費，並撥交臺東縣蘭嶼鄉公所執行。該公所民國(下同)91至100年度輔導原住民就業轉業計畫經費，及96至99年度低放射性廢棄物回饋金，分別編列預算數4億7,770萬餘元、8,137萬餘元，執行結果，決算數分別為4億7,524萬餘元、7,816萬餘元。
上述回饋金及計畫經費執行情形，經審計部臺灣省臺東縣審計室查核結果，發現輔導原住民就業轉業計畫經費係按人頭方式發放現金補助或津貼，與該計畫目的未盡相符；低放射性廢棄物回饋金執行延宕且經費賸餘及保留款註銷數龐鉅，亦未督導考核受補助單位辦理情形，且該回饋金多用於消費性、福利性支出，未積極投入地方基礎建設或補助轄內民眾執行節能減碳措施；執行上述回饋金及計畫經費，未訂定管制考核作業規範，且經費賸餘數未妥為控管運用等缺失，經於102年2月23日陳報監察院核處。案經監察院調查後，於102年11月6日糾正臺東縣蘭嶼鄉公所。（詳監察院公報第2891期）