行政院環境保護署(以下簡稱環保署)為建立全國廢棄物非法棄置場址巡檢通報體系，避免污染物造成農漁牧產品安全疑慮，要求地方政府環境保護局針對轄內已列管非法棄置場址定期巡查，並將巡查結果登錄於「廢棄物非法棄置案件管理系統」。據統計截至民國(下同)102年9月底止，登錄於該系統之非法棄置場址計有389處，仍須持續列管者尚有250處，面積約175公頃，其中苗栗縣竹南鎮國泰路場址於94年間即列管為丙級非法棄置場址，因未積極清理，復於98年間經公告為土壤及地下水污染控制場址，迄99年始進行污染清除工作；屏東縣赤山巖汞污泥污染場址自86年即發現為污染場址，歷經多年清理，迄今仍有403公噸含汞廢棄物尚未處理，清理進度遲滯；列管尚未清理之非法棄置場址中，甚有供種植農作物或開發為養殖場者，其產出之農漁產品均未經有關機關實施污染檢測，相關食品安全堪虞；又上開非法棄置場址中，不乏土壤或（及）地下水檢出污染物高於管制標準，惟該署未能督促地方政府積極規劃妥善處理。
本案環保署業務執行缺失，審計部分別於98、100及101年度中央政府總決算審核報告中揭露，另配合監察院派員履勘桃園縣大溪中庄場址及新北市瑞芳區中央路場址等非法棄置場址。案經監察院立案調查結果認為，國內列管之非法廢棄物棄置場址迄今查獲污染行為人之比率僅11％，形成89％場址清理經費求償無門；國內目前尚持續列管之250處非法廢棄物棄置場址涉及國(公)有土地者計93處，占全國棄置場址總數量達37.2％，國(公)有土地管理機關疏於管理；國內部分非法廢棄物棄置場址清理作業遲緩，及臺南、高雄等6市縣非法廢棄物棄置場址之數量、面積龐大，合計占全國該等場址總數量、總面積之比率皆高達8成以上，權責機關難謂無責，行政院自應督促所屬究明責任並依法妥處，另對於各級主管機關就杜絕非法廢棄物棄置行為研定相關興革事項而著有績效者，允宜適時覈實獎勵揚清，以資慰勉辛勞，並達鼓勵行政創新遏阻非法棄置行為之效等情，於102年11月7日函請行政院督導所屬檢討改進。
環保署已成立「行政院環境保護署協助地方政府代清理廢棄物求償案件債權保全追蹤小組」，並訂定「國有或公有土地遭棄置廢棄物清理之參考作業程序」，另定期將地方政府巡查結果提報全國環保機關業務協調聯繫會報（地方環保局長為會報出席者），以落實督導成效；又行政院農業委員會林務局、財政部國有財產署、經濟部水利署、國防部暨各地方政府均已研提相關改進措施，其中新北市列管面積約50公頃，已解除列管、屏東縣赤山巖汞污泥污染場址經審計部臺灣省屏東縣審計室積極督促並追蹤改善結果，已於102年10月完成清理作業。