依「離島建設條例」第14條規定，離島用水比照臺灣本島平均費率收取，營運單位因依該項費率收費致產生之合理虧損，由中央目的事業主管機關審核後編列預算補助，其補助方式及計算標準係依「離島供水營運虧損補助辦法」辦理；次依行政院主計總處民國(下同)94年12月21日及經濟部水利署100年2月16日函示，公共事業接受政府機關捐贈之資產，應認列捐助收入，其折舊費用應自供水成本扣除，避免重複補助。金門縣位屬離島地區，因售水成本高於收入，金門縣自來水廠營運虧損差額依前述相關規定，由金門縣政府向經濟部水利署申請離島供水營運虧損補助款。經審計部福建省金門縣審計室查核發現，該廠未依行政院主計總處及經濟部水利署函示，將政府機關捐贈資產認列捐助收入，其折舊費用未自供水成本扣除，致重複申領離島供水營運虧損補助款，經審計部函請經濟部水利署查明妥處。
案經經濟部水利署查復，金門縣政府96至99年度所溢請之離島供水營運虧損補助款2億9,681萬餘元，自102年度起將逐年分次抵扣繳還國庫；另該署為具體改進離島差價補貼審核作業機制，將提高現地督導查核頻率，加強內部控制避免再有類此情事發生，並針對問題癥結，建請行政院經濟建設委員會修正離島建設條例第14條，規範離島供水營運虧損之補貼範圍或限制。