前臺南縣政府為提供民眾優質的生態休閒觀光地點，利用德元埤天然資源及特色設置「德元埤生態休閒園區」，該園區於民國(下同)99年7月14日竣工，計耗資2億1,395萬餘元。經審計部臺南市審計處調查發現：該府為爭取中央各主管機關補助經費，未衡酌各項建設緩急次第進行開發，擱置應先行完成之路口擴寬工程，不利遊客入園；未評估渡船行駛之安全性及可行性，即爭取經費興建水域設施，致增建設施閒置未用；耗費鉅資興建之風車揚水機及梵谷橋等設施，未妥善管理維護及開放運轉，園區經營成效欠佳等效能過低情事。經依審計法第69條規定於101年1月3日通知臺南市市長查明妥適處理。
案經審計部臺南市審計處追蹤其後續改善情形，臺南市政府已完成路口聯外道路拓寬工程，並加寬園區停車場入口寬度，車輛動線順暢度已獲提升；區內渡船頭碼頭及候船亭亦已導入「慢波一夏水域遊憩體驗」等活動，活化園區內碼頭設施；風車揚水機及梵谷橋已配置專人操作運轉，並發揮調節區內水道水位功能；另區內設施已相繼完成，並成立「德元埤管理站暨旅遊服務中心」，加強環境管理維護，提升經營效率及服務品質。經統計該園區年度遊客人數已由100年度之6萬餘人，大幅增加至101年度13萬餘人，102年截至7月底入園人數亦達9萬餘人，其經營管理成效已有顯著提升。