前臺南市政府為澈底改善擺設於本淵寮社區道路兩旁，嚴重影響交通並造成髒亂之流動攤販約70攤，並提供該區域市民一處舒適、衛生、安全之購物環境，經規劃興建本淵寮市場大樓，包含1、2樓分別有57、54個零售攤位，及3樓1個大型綜合商場。該市場大樓於88年5月3日完工，結算金額9,695萬餘元。前審計部臺灣省臺南市審計室於91年至96年間多次派員辦理就地稽察，核有該市場規劃未考量場址附近和順與土城等2公有市場，及文賢與樂成等2民營市場之同質性競爭，致2樓零售攤位及3樓綜合商場自94年起即閒置未用，且該市場自89年之盈餘逐年遞減，迄94年已呈虧損狀態，卻未積極研謀振衰起蔽之措施，涉有效能過低情事，經依審計法第69條規定通知前臺南市市長查明妥處，並於98年7月報告監察院，嗣經該院於99年2月公告糾正(監察院公報第2694期)。
案經審計部臺南市審計處持續追蹤其改善情形，臺南市政府召開會議決議，將該市場2、3樓作為該府經濟發展局及秘書處之檔案室，並於102年1月完成使用執照用途變更，且市場1樓攤位出租率已達98％，102年截至6月底止已產生盈餘3萬餘元，已合乎行政院公共工程委員會訂定「閒置公共設施活化標準」規定。