政府為防止偽劣假藥戕害國人身體健康，衛生福利部(原衛生署)、國家通訊傳播委員會(以下簡稱通傳會)、法務部、內政部、消費者保護委員會、財政部、海岸巡防署、文化部(原新聞局)、各直轄市及縣市政府等機關，進行跨部會與地方政府合作，於民國（下同）99年3月22日成立「加強取締偽劣假藥及非法廣播電臺」專案，由檢調單位偵查偽劣假藥非法源頭，衛生福利部加強藥局及地攤販售偽劣假藥之查緝，通傳會要求違反衛生相關法規之廣告下架及取締非法電臺等。
審計部查核發現，市售食品誇大療效及中藥材含有農藥殘留與重金屬之情事時有所聞，主管機關除加強各項查緝及檢驗工作外，並應就法規面強化管控機制，以確保民眾食品及用藥安全；另非法廣播電臺為販售偽劣假藥之主要途徑，部分非法電臺為規避取締，以間歇性開機方式，利用假日或夜間繼續播音，或合法電臺以不實廣告進行藥品販售，有待加強取締及監督管理工作，經於100年6月、101年4月及6月通知衛生福利部所屬食品藥物管理署(原食品藥物管理局)及衛生福利部中醫藥司(原中醫藥委員會)，並於101年2月通知通傳會持續強化監管作為，與健全制度規章。
經追蹤機關改善情形，食品藥物管理署已陸續完成食品衛生管理法及藥事法等部分條文修法事宜，除加重業者違規行為之罰鍰、刑度及罰金外，同時增訂情節重大者，得命歇業、停業或廢止相關登記等規定，並加強各項查緝及檢驗工作；又衛生福利部中醫藥司為健全中藥材進口檢驗機制，已於101年7月23日訂定「中藥材輸入檢驗作業規定」，明訂中藥材之輸入，須檢附相關檢驗證明文件，並對紅棗乾、黃耆、當歸、甘草等大宗進口藥材，再抽檢5％，查證是否與檢驗文件相符；另衛生福利部及通傳會等機關，加強偽劣假藥、非法電臺及違規廣告之取締工作，99年4月至102年3月間，計查獲偽劣假藥6,663件、移送法辦4,845件，取締違規廣告14,333 件，廣告違規率由99年1月之13.90％，降至102年3月之5.83％，非法廣播電臺亦由99年1月之113臺快速減少，截至102年6月，全臺已無非法播音情事，取締偽劣假藥及非法廣播電臺已獲致具體成效，降低販售偽劣假藥對國人身體健康帶來之傷害。