依土地稅法第10條及房屋稅條例第15條規定，依法核定之工業區土地及政府核准工業或工廠使用之土地、合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋，其地價稅、房屋稅以優惠稅率計徵。經審計部臺灣省嘉義縣審計室調查發現，嘉義縣財政稅務局核課工業用地地價稅及房屋稅，核有依優惠稅率計徵地價稅或房屋稅之土地或廠房面積逾越工廠登記面積；非依法登記之土地或廠房依優惠稅率計徵地價稅或房屋稅；部分工廠已停工，或相關設備已停用，惟未廢止或變更其工廠登記，致仍享有優惠稅率等情事，經函請嘉義縣財政稅務局查明妥處。
該局查復清查結果，未符優惠稅率之土地及廠房，經改按一般稅率課徵地價稅及房屋稅，截至民國(下同)102年4月底止，開單補徵69筆，補徵地價稅及房屋稅差額計1,112萬餘元，另為避免經核准按工業用地稅率計徵地價稅之土地面積與目的事業主管機關核准之廠地面積不符，或適用工業用地稅率核課之原因、事實已消滅而未能即時釐正稅籍等情事，業於102年6月間研訂「工業用地清查計畫」，自102年度起，分階段逐年辦理清查，預計於105年度清查完成；另嘉義縣政府業函請已停工，或相關設備已停用之公司依工廠管理輔導法規定至該府辦理變更或註銷工廠登記事宜。