嘉義縣政府為因應地方民意及實際需求，開發布袋港成為休閒漁業觀光遊艇碼頭，於民國（下同）86年間辦理「布袋港多功能港埠建設計畫」，興建時分為「布袋港遊艇碼頭一期工程」、「布袋港遊艇碼頭二期工程」及「布袋遊艇港二期陸域建築工程」等3件工程，總經費3億4,808萬餘元，於94年12月間完工。經審計部臺灣省嘉義縣審計室於95年6月間調查發現，該府未依當時海埔地開發管理辦法規定取得開發及造地許可，即逕行發包施工，肇致已完工之遊艇碼頭設施無法營運使用而閒置；施工前公告障礙物蚵架遷移作業，未見積極具體作為，造成工程進度落後，致計畫時程延宕等未盡職責及效能過低之情事，經通知該府檢討改善，並於97年5月2日依審計法第69條規定陳報監察院，案經監察院於98年4月22日提案糾正嘉義縣政府(詳監察院公報第2676期）。
嗣經審計部臺灣省嘉義縣審計室賡續追蹤嘉義縣政府改善情形，茲據嘉義縣政府102年6月函復，布袋港目前設有浮動碼頭一座，日常已達17艘中小型船舶停泊；自98年10月開港至102年5月底止，計辦理水域相關活動74項，參與人數17萬2千餘人次，已活絡該港使用。