行政院國家科學委員會中部科學工業園區管理局辦理臺中基地污水處理廠一期二階工程，於民國(下同)93年9月21日決標，金額12億5,584萬餘元，因承商財務困難無力履約等因素，該局於97年5月5日與承商終止契約。經審計部教育農林審計處調查結果，發現該局不當退還已扣抵之逾期違約金，及未於履約保證金連帶保證書有效期限屆滿前，請求保證銀行給付保證金，致保證銀行自動解除保證責任，嚴重影響機關權益等，核有重大違失，經通知積極查處及追償。
嗣經審計部教育農林審計處持續追蹤其改善成果，該局已議處相關人員1人，工程終止契約後重行發包，相關接續工程業於102年5月24日完工；相關求償事宜，經該局向前承商追討逾期違約金1億1,161萬餘元，經法院判決該局勝訴，扣除原工程保留款等，尚不足529萬餘元，已於102年1月間向法院聲請強制執行；至銀行履約保證部分，亦經法院判決該局勝訴，收回履約保證金及延遲給付利息等共7,060萬餘元；該局並就履約保證書等文件有效期限訂定管制流程，以強化內部控制措施。