中華民國101年度中央政府總決算（含附屬單位決算及綜計表）、莫拉克颱風災後重建特別決算，審計部業已依法完成審核，並編造最終審定數額表，依照憲法第105條、決算法第26條及審計法第34條第2項規定，於民國102年7月29日提出總決算及特别決算審核報告，送立法院，並陳報監察院。
　　民國101年度中央政府總決算，經審計部審核結果，審定歲入決算1兆6,683億餘元、歲出決算1兆8,824億餘元，歲入歲出相抵，差短2,140億餘元，加計債務還本940億元，合計3,080億餘元，經以發行公債及賒借2,880億餘元暨移用以前年度歲計賸餘199億餘元支應；國營事業決算審定總收入3兆5,753億餘元，總支出3兆4,194億餘元，純益1,558億餘元；非營業特種基金決算審定總收入（含基金來源）2兆1,260億餘元，總支出（含基金用途）2兆1,031億餘元，賸餘229億餘元。另中央政府莫拉克颱風災後重建特別決算審核結果，審定歲入決算1億餘元、歲出決算998億餘元，歲入歲出差短996億餘元，全數以舉借債務撥補。
　　審計部辦理審計業務，秉持獨立及客觀，衡平報導揭露，內容涵蓋績效性與合法性審計結果，冀能發揮預警與課責之監督功能，提升財務效能，促進政府良善治理。民國101年度中央政府各機關（含營業、非營業特種基金及特別決算）財務收支審核結果，經摘其要者，於各冊審核報告內共提列356項重要審核意見，其中肇因於機關內部控制機制未臻周全者，計有6類274項，包括：內部稽（審）核之實施方面15項，計畫之實施及預算之執行方面156項，財務（物）之管理、運用方面44項，產銷營運管理方面14項，採購作業方面21項，事務管理及其他事項方面24項；非肇因於內部控制機制未臻周全者，計有82項；另在合法性審計方面，稽察發現財務上違失案件92件，其中違失情節重大依法報請監察院核處者30件，移送檢調機關偵辦並報告監察院者5件，通知各機關查明處分者57件，經處分違失人員192人次(統計資料為民國101年度及民國102年1月至7月15日審編期間提出者)；依法修正增列各類歲入通知繳庫數12億餘元；剔除減列歲出通知繳庫數6億餘元；在效能性審計方面，考核各機關施政績效結果，認為有未盡職責或效能過低情事，經依法通知其上級機關並報告監察院者63件(統計資料為民國101年度及民國102年1月至7月15日審編期間提出者)；又依法提供行政院有關財務上增進效能與減少不經濟支出之建議意見，計有結構性之租稅改革仍待賡續推動，以奠定穩固、公平之稅收，並健全財稅體制等6項。
　　有關本部對於中央政府各機關計畫實施之查核、預算執行之審核及重要審核意見，已在各決算審核報告有關章節予以分析說明，電子檔並置於本部全球資訊網網站－審核報告內，敬請各界參閱指教。