行政院原住民族委員會(下稱原民會)為改善原住民族地區部落飲用水品質及提高供水普及率，報經行政院先後於民國(下同)90年5月、96年3月核定實施「第1期4年（90～93年度）公共建設計畫-改善原住民部落簡易飲水設施計畫」、「第2期原住民族地區部落水資源規劃及供水計畫」，該兩計畫期程自90至98年度，總經費52.71億元，實際編列預算33.68億元，補助12個原住民族地區縣政府及25個平地鄉（鎮、市）、30個山地鄉辦理607件工程，預計提昇供水普及率至83.21％。
審計部及所屬相關審計室調查發現，原民會未落實原住民用戶接管率之宣導計畫及研提經費補助等鼓勵措施，且未審慎評估用戶付費接管意願，即同意補助自來水延管工程，以致部分工程完工後，無居民申請接水，或接水後未使用、停用、未繳費遭拆表，金額達1億2,449萬餘元；未積極協同縣政府儘速解決淨水場工程用地取得窒礙，即同意補助管線、機電設備工程先行施作，肇致已完工工程或已交貨設備，因用地遲未取得，無法接續施作而閒置，且未督促縣政府落實維護管理及修復災損設備，肇致簡易自來水系統停止運作或損壞無法使用，總計金額達7,610萬餘元；耗費6,600萬元辦理防災地理資訊系統，任由系統停止運作，套裝軟體與硬體設備閒置等未盡職責及效能過低情事，審計部於100年2月8日依審計法第69條規定，通知行政院查明妥適處理，並報告監察院。案經監察院立案調查後，於102年4月10日糾正原民會（監察院公報第2860期）。