澎湖縣政府歲入財源主要仰賴上級補助，財務結構欠健全，經改制前審計部臺灣省臺南市審計室促請該府積極開拓因地制宜之特有資源，吸引民間投資，增闢非稅課收入。嗣經該府依「離島建設條例」及「離島免稅購物商店設置管理辦法」之規定，推動離島免稅購物商店之設置，向澎湖縣議會提出「澎湖縣辦理申請經營離島免稅購物商店同意許可辦法」，並由該會審議通過。該府旋於民國(下同)98年12月23日辦理「澎湖縣離島免稅購物商店經營權招標案」，經綜合評選出最優廠商，經營許可費按總營業額8.5％計算，且年度許可費總額不少於500萬元，經營期間自98年12月31日至107年12月31日，共9年。其後接辦審計事務之澎湖縣審計室再促請該府加強追蹤免稅購物商店經營成效，以提增縣庫收入，業由該府重視，經向免稅購物商店目的事業主管機關財政部建議，獲同意放寬販售菸、酒品數量及其他購物金額限制，暨協議廠商改善優惠措施，提升觀光旅客購買之誘因，有效提升營業總額。
據統計該府免稅商店年度許可費收入，99年度(4月至12月)、100年度及101年度分別為2,599萬餘元、4,547萬餘元及5,390萬餘元，已呈現逐年遞增趨勢。另藉由免稅購物商店設置及其後續之商務行銷活動，帶動更多的觀光客，該縣機場及港口國內航線離境人數，從設立前之年平均約100萬人次，至101年度已超過120萬人次，促進該縣觀光產業發展，使縣內服務業的規模擴大，並可達到紓緩人口外流及失業現象之社會效益。