臺南市垃圾焚化廠及掩埋場回饋金額度計算方式較原固定提撥數超出2千餘萬元，經審計機關督促臺南市政府環境保護局檢討妥處，已明確定義計算標準，減輕市庫財政負擔
前臺南市政府為解決垃圾問題，民國(下同)80年間於城西地區曾文溪沿岸魚塭填埋垃圾，引發當地居民群體抗爭，該府經與當地民眾協商回饋條件後，始得以解決垃圾掩埋問題。嗣於88年間臺南市垃圾處理方式由掩埋改為焚化，該府卻遲未依環保署「垃圾資源回收(焚化)廠營運階段提供回饋金要點」完成回饋金發放及運用方式之法制化程序，仍因循往例每年編列固定數額回饋經費，迭經前審計部臺灣省臺南市審計室多次函請研議改善，該府卻無具體策進作為。
縣市合併後，臺南市審計處賡續積極督促臺南市政府環境保護局藉此縣市合併時機，解決回饋金法制化問題，並健全控管機制。案經該局參採，分別於101年1月2日及3月16日訂頒「臺南市垃圾焚化廠及掩埋場營運階段提供回饋金辦法」及「臺南市垃圾焚化廠及掩埋場營運階段提供回饋金稽核要點」。惟查該辦法第3條規定：「回饋地方經費總額，依下列方式，分年編列：一、焚化廠每處理1公噸垃圾，新臺幣200元。二、掩埋場以『用地面積』每平方公尺編列新臺幣250元。」以城西焚化廠及衛生掩埋場99年度垃圾量306,400公噸及掩埋場用地面積19.7公頃，依上揭規定額度計算，應提撥回饋金1億1,053萬元，反較原與當地民眾協商之固定數回饋金8,652萬元，超出2,401萬元，增加市府財政負擔，經該處於101年2月9日函請該局審慎檢討上揭回饋金額度計算方式並妥為處理。案經該局檢討結果，已於101年12月14日修正「臺南市垃圾焚化廠及掩埋場營運階段提供回饋金稽核要點」，明確定義掩埋場回饋金數額係以「用地面積」19.7公頃扣除已覆土未使用部分9.604公頃，按實際「使用面積」10.096公頃計算，該局102年度預算業依上開修正後稽核要點，按掩埋場實際「使用面積」計算應提撥回饋金，回饋金總額編列8,652萬元，減少提撥回饋金計2,401萬元，減輕市庫鉅額財政負擔。