預防疾病最經濟有效之方法即為預防接種，我國各項預防接種政策自推行以來，相關傳染病已獲有效控制甚至絕跡，為使該項政策賡續推動執行，政府每年投入鉅額人力經費採購各項疫苗及執行預防接種。又行政院衛生署（疾病管制局）為管理全國疫苗，已建立相關制度規範及考核機制，供各地方衛生局所及合約醫療院所依循辦理，並建置全國性資訊系統提升行政作業效率，便於管理，近年來我國各項常規疫苗之接種率均高達9成以上，業具相當成效。審計部為瞭解國內整體疫苗管理情形，爰規劃辦理專案審計，期能發掘問題，適時促請相關機關單位就制度面及執行面研謀改善。
經審計部分別就疫苗管理制度規章訂定情形及管理機制落實情形等面向深入調查結果，發現有「疫苗管理相關制度規章未盡周延，肇致未能確保權益暨市、縣、院所間疫苗毀損賠償標準寬嚴不一情事」及「全國性預防接種資訊系統功能不彰，亦未落實運作，致疫苗庫存管理功能，形同虛設」等情事，業依審計法第69條前段規定通知上級機關行政院衛生署查明妥處並督促改善，已獲該署具體因應與改善，經陳報監察院備查。
茲謹就本專案審計之調查原委、專案背景、調查重點與發現、調查意見與建議及行政機關回應情形等資料輯印成冊，藉以促進社會大眾瞭解我國疫苗管理情形與審計機關監督之成效。