經濟部為提升國內中小企業就業率，增訂中小企業發展條例第36條之2，給予中小企業加薪減稅優惠，經審計部查核發現，該優惠措施因適用門檻過高，受惠人數有限，經函請檢討改善，已完成修正中小企業員工加薪薪資費用加成減除辦法(下稱員工加薪減除辦法)。
審計部指出，政府為鼓勵中小企業替基層員工加薪，於105年1月6日增訂中小企業發展條例第36條之2第3項，並授權經濟部會同財政部訂定員工加薪減除辦法。依該辦法規定，當行政院主計總處發布之失業率連續6個月高於經濟部公告之一定數值(3.78％)時，中小企業得就其增僱本國籍員工所支付薪資取得租稅優惠。
然而，審計部於112年12月查核發現，國內中小企業家數計163萬餘家，從業人員達913萬餘人，惟107年起政府即因國內失業率未連續6個月高於3.78％，無法依規定啟動員工加薪減稅之優惠措施，導致實際員工受惠加薪人數僅3千餘人，有失政府替基層員工加薪減稅之立法美意，審計部遂於113年2月函請經濟部檢討妥處。
審計部表示，經追蹤辦理情形，經濟部已會商財政部於113年12月4日修正發布員工加薪減除辦法，刪除「經濟景氣指數達一定情形」之啟動門檻，有助中小企業替基層員工提升薪資水準，促進中小企業發展。