經濟部工業局(112年9月26日改制為經濟部產業發展署，下稱產發署)推動管理輔導未登記工廠，經審計部查核發現，既有低污染未登記工廠申請納管已年餘，惟尚有6千餘件待審查，第一級6市縣即占近9成，經函請檢討改善，產發署已函請市縣政府加速完成納管審查，截至113年7月底完成審查比率已達97.67％。
審計部指出，政府為在經濟發展、居民就業、環境保護間取得平衡，於108年7月24日修正公布工廠管理輔導法(下稱工輔法)，新增第4章之1「未登記工廠與特定工廠之管理及輔導」專章，並採取「不准新增、全面納管、就地輔導」措施管理輔導未登記工廠。按工輔法第28條之5第1項規定，105年5月19日以前屬低污染未登記工廠須於111年3月19日前申請為特定工廠納管，且申請納管之未登記工廠至遲應於112年3月19日前，提出工廠改善計畫，期逐步輔導業者改善問題，逐步合法化。
然而，審計部於112年4月查核發現，據產發署提供資料，全國21市縣既有低污染未登記工廠，於申請納管截止日(適逢假日順延至111年3月21日)前向各市縣申請納管者，計有3萬2,578家，惟截至112年3月止，業者申請納管已1年餘，各市縣政府核准納管者計2萬3,586家(72.40％)、經審核駁回2,906家(8.92％)，完成審查比率約81.32％，尚有6,086家(18.68％)待審查，其中第一級6市縣計有5,465家，占全部待審查家數之89.80％，主要係業者申請文件缺漏或錯誤待補正等所致，審計部遂於112年6月函請產發署積極協助與督導市縣政府儘速完成，以提升管理輔導成效。
審計部表示，經追蹤改善情形，截至113年7月底止，全國21市縣既有低污染未登記工廠申請納管經完成審查者3萬2,667家，完成納管審查比率為97.67％，其中第一級6市縣待審查件數亦由5千餘件降至700餘件，提升管理輔導成效。