農業部種苗改良繁殖場（原行政院農業委員會種苗改良繁殖場112年8月1日改制，下稱種苗場），提供國內種子（苗）業者各項植物作物種子病害品質認證檢測服務，並訂定收費標準，經審計部教育農林審計處查核發現，種苗場未適時檢討修正收費標準，經函請檢討改善，已廢止並新訂收費標準。
審計處指出，依規費法第11條規定，規費之收費基準，業務主管機關應考量辦理費用或成本變動趨勢、消費者物價指數變動情形及其他影響因素，每3年至少應定期檢討1次。種苗場為促進種苗研發相關業務推廣及服務品質，提供國內種子（苗）業者各項植物作物種子病害品質認證檢測服務，並依據該場受託辦理基因轉殖植物及植物病原檢測收費標準、受託辦理種子檢查收費標準(下稱受託收費標準)收費。
然而，審計處於111年10月查核發現，該2項受託收費標準於102年3月14日及103年7月14日公告後，截至111年7月底止，基因檢測及種子檢查之各項檢驗項目，相關直接及間接成本已由51元至3,015元增加為302元至4,516元，惟種苗場已逾8年未依規費法規定檢討收費基準，經於112年1月函請種苗場檢討妥處。
審計處表示，經追蹤改善情形，種苗場已於113年3月廢止基因轉殖植物及植物病原檢測等2項受託收費標準，並訂定「農業部種苗改良繁殖場受託辦理檢測試驗服務收費標準」，以合理反映檢測成本。