經濟部水利署（下稱水利署）辦理寶山水庫第二水庫（下稱寶二水庫）溢流堰加高工程，經審計部查核發現，因未完成環境影響差異分析即進行設計作業，又發包策略失當工程多次流標，致工程進度落後，延宕計畫完成期程，經函請檢討改善，溢流堰加高工程已完工，並完成滿水位蓄水安全評估，可增加水庫蓄水容量，提高新竹地區供水穩定度及強化抗旱韌性。
審計部指出，水利署為提升新竹地區供水穩定性，由該署北區水資源分署（下稱北水分署）辦理寶二水庫溢流堰加高工程計畫，計畫經費1.2億元，計畫期程為109至110年，規劃加高溢流堰1.35公尺，使滿水位標高由150公尺提高至151.35公尺，蓄水容量從3,147萬噸，增為3,357萬噸，增加210萬噸蓄水量，每日可增供新竹地區1萬噸用水量。
然而，審計部於112年4月查核發現，北水分署未審慎衡酌增加庫容對水庫周遭環境影響，於設計作業階段經環保單位通知，始依法提報環境影響差異分析報告送審，耽延計畫期程5個月；又未考量溢流堰加高工程特殊性，妥適擬訂招標策略，自111年7月起至112年4月底止，因無廠商投標而歷經9次流標，延宕計畫完成期程，審計部遂於112年6月函請水利署檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，溢流堰加高工程經併入石門水庫至新竹聯通管道路埋設段工程，於112年7月5日決標，並於113年3月26日完工，且藉由凱米颱風帶來之豐沛雨量，經兩階段蓄升水位及於113年8月25日完成測試並通過安全評估，可增加210萬噸蓄水量，有效提高新竹地區供水穩定度。