新竹市環境保護局(下稱環保局)經管垃圾焚化廠營運管理情形，經審計部臺灣省新竹市審計室查核發現，廢棄物清除處理收入未敷支應成本，且垃圾焚化實際平均熱值高於設計熱值，降低可焚化處理量，經函請檢討改善，業已修正新竹市代清除處理廢棄物自治條例，提高收費標準，增加廢棄物處理收入，並以價制量降低垃圾熱值，提升焚化廠營運管理成效。
審計室指出，環保局經管垃圾焚化廠興建金額35億餘元，焚化爐共計2爐，採24小時連續運轉之機械混燒式爐體焚化，設計焚化處理量每日每爐450公噸，每日處理量共計900公噸。自90年2月啟爐運轉迄106年底將近17年，處理新竹市及鄰近市縣之家戶垃圾及一般事業廢棄物，以維護環境整潔及民眾健康。
然而，審計室於107年1月查核發現，104至106年度之廢棄物清除處理收入均未敷支應成本，且處理外縣市一般廢棄物及一般事業廢棄物之收費標準較鄰近桃園市及苗栗縣為低。另106年度依設計垃圾熱值預計可焚化處理量約30萬餘公噸，惟因垃圾成分中摻雜高熱值廢棄物，致鍋爐熱值偏高，依實際平均熱值轉換後之可焚化處理量約25萬餘公噸，較預計可焚化處理量降低約5萬餘公噸，審計室遂於107年2月及5月函請環保局積極檢討辦理。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保局已於108年修正新竹市代清除處理廢棄物自治條例，提高外縣市廢棄物及以高熱值廢棄物居多之新竹科學工業園區廢棄物等收費標準，由每公噸1,650元至2,500元，調增為2,000元至4,500元，案經新竹市議會審議通過，並於同年10月公布施行。經統計截至109年底止，新竹市代清除處理廢棄物收入以實際處理數量及調升後每公噸單價計算，共計增加1億6,007萬餘元，並以價制量降低高熱值廢棄物進廠量，進而降低垃圾平均熱值，提升焚化廠營運管理成效。