審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)查核發現，臺北市建築管理工程處(下稱北市建管處)於獲報捷運土地遭違建物占用後，未依規定處理通報案件，致遭占用而未獲處理之情形持續經年，不利公權力伸張，經促請檢討改善，北市建管處已依規定將案內違建通報案件拍照存證建檔列管或填具違建查報拆除函等，並訂定臺北市捷運用地遭違建占用清理流程。
臺北市政府於臺北都會區大眾捷運系統路線興建完成後，將捷運系統及其土地委由臺北大眾捷運股份有限公司(下稱臺北捷運公司)維護，該公司於巡查過程倘發現捷運土地有遭違建物占用情形，即函報北市建管處進行查處。臺北市審計處於108年4月查核發現，北市建管處前於103年11月間接獲臺北捷運公司函報，捷運新北投站至北投站間之捷運用地有遭違建物占用情形，計有20筆土地，惟其後北市建管處未按臺北市違章建築勘查認定查報作業及違建處理程序等規定妥為處理，至107年8月間臺北捷運公司請北市建管處協助查明處理情形時，始錄案辦理，距原獲報日期已逾3年，不利公權力伸張，經於108年7月24日函請檢討改善。
嗣經臺北市審計處追蹤改善結果，北市建管處已於108年8月依規定將案內之違建通報案件拍照存證建檔列管，或填具違建查報拆除函，排定拆除等，並於109年1月訂定臺北市捷運用地遭違建占用清理流程，指派專人加強辦理，以避免類此狀況再次發生。