審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，交通部觀光局大鵬灣國家風景區管理處（下稱鵬管處）委託民間機構開發經營大鵬灣國家風景區，後期開發區土地因占用灣域置放漁撈設備民眾陳情抗爭，或排除後再重複被占用，無法如期交付，影響後期計畫工程發包施工及營運期程，經函請研謀改善，並揭露於107年度中央政府總決算審核報告（乙－464），案經監察院立案調查，提案糾正觀光局。
鵬管處為帶動大鵬灣地區經濟發展、改善生態環境及發展觀光遊憩，於93年11月30日以興建－經營－移轉（BOT）方式，簽訂「民間參與大鵬灣國家風景區建設（BOT）開發經營契約」，營運期限至145年12月。依契約鵬管處應於105年10月完成後期開發區土地交付，俾民間機構進行後續開發工程，並於108年底前開始營運。
交通建設審計處於107年11月查核發現，鵬管處於86年11月成立，對於所經管之大鵬灣區灣域，早已知後期開發區存有民眾漁撈設備（管筏、浮球、漁具等）占用情形，對於排除占用應有充足時間與相關人員妥為溝通協調遷移漁撈設備，俾降低執行阻礙，惟鵬管處105年6月始進行溝通協調事宜，因民眾陳情抗爭而延至106年11月排除占用；復因未落實維護管理作業，致再次發生原開發範圍被占用情事，而無法如期交地，影響後期計畫工程發包施工及營運期程。經於108年2月函請觀光局研謀改善，相關查核結果並揭露於107年度中央政府總決算審核報告，嗣經監察院立案調查後，於109年6月12日糾正觀光局。（詳監察院公報第3186期）