審計部查核發現，申訴審議結果指明應刊登拒絕往來廠商案件，主辦機關仍有未覈實刊登，且部分主辦機關未經上級機關同意，決標予拒絕往來廠商，已影響政府採購公平性。經審計部建請行政院公共工程委員會（下稱工程會）研謀管控機制，該會已於政府電子採購網新增警示及查詢功能，有利維護採購秩序。
政府採購涉及公益性，當廠商涉有政府採購法第101條規定情事（容許他人借用本人名義或證件參加投標等行為），被認定不適合承攬政府標案時，招標機關應依該法第102條第3項規定公告禁止該廠商投標政府標案，以建立防堵措施，除有處罰不良廠商之效果，更為避免其再危害其他機關。審計部於108年2月查核發現，部分採購申訴審議結果為廠商申訴不受理或無理由而遭駁回，應刊登拒絕往來廠商案件，仍有未依上開規定刊登情事，且部分機關未經上級機關同意，逕將原採購之後續契約變更案決標予拒絕往來廠商，已影響政府採購公平性，經於108年2月18日函請工程會研謀管控機制。
嗣經審計部追蹤工程會後續辦理情形，該會已就申訴不受理或無理由案件，於通知招標機關時提醒續辦刊登作業，並在「政府電子採購網」新增申訴審議結果應刊登案件之警示機制、決標公告新增「上級機關核准」摘要欄位，及建置上級機關核准決標予拒絕往來廠商案件之查詢功能，以利自主管理並查察登載資料之正確性，有利維護政府採購秩序。