審計部教育農林審計處(簡稱教育農林審計處)查核發現，國立海洋科技博物館（簡稱海科館）委託民間機構興建營運海洋生態展示館，因未能有效督促民間機構檢討工程進度落後原因、趕工成效欠佳等情，截至民國(下同)106年5月底止已屆開館營運期限，實際工程進度僅約25％，執行效率不彰，經陳報監察院，業由監察院糾正海科館。
海科館依促進民間參與公共建設法等規定，於101年5月14日簽訂「國立海洋科技博物館興建營運移轉契約(OT+BOT)案」契約，委託民間機構採BOT(Build–Operate–Transfer)方式興建營運海洋生態展示館，預計由民間機構投資14億9,931萬元，於簽約之日起5年內(106年5月13日前)興建完成並對外開始營業。
教育農林審計處查核發現，海科館簽約前未確認民間機構與設計協力廠商之合作關係，簽約後審核變更協力廠商費時，致海洋生態展示館規劃設計作業停擺1年3個月；施工期間復未能就民間機構遲未完成施工計畫提報、分項工程選商作業等，有效督促民間機構切實檢討並研擬具體因應對策，肇致已屆開館營運期限，實際工程進度僅約25％，執行效率不彰，經於106年6月14日依審計法第69條第1項前段規定陳報監察院。嗣經該院立案調查結果，於106年12月6日糾正海科館。(詳監察院公報第3066期)