審計部查核發現，行政院為推廣再生能源利用，加速太陽光電設置進度，辦理「綠能屋頂全民參與推動計畫」(下稱綠能屋頂計畫)，民眾可於屋頂既存違章建築上設置太陽光電設備，對居住安全容有影響，亟待配合訂定相關公共安全範圍認定規範，經促請研謀改善，內政部已訂定影響公共安全之具體認定標準，作為地方政府推動合法建築物屋頂違章建築設置光電設施之準據。
經濟部於執行太陽光電2年推動計畫期間[民國(下同)105年7月至107年6月]，因屋頂型光電措施執行進度優於預期，再設定應於109年達成屋頂型光電裝置容量3GW(1GW=10億瓦)之階段性目標，經會同內政部規劃綠能屋頂全民參與行動方案，並據以研訂綠能屋頂計畫，行政院嗣於107年2月2日核定。經審計部查核發現，該院鑑於綠能屋頂計畫迭遭質疑於違章建築設置光電設備，影響人民生命財產安全，促請經濟部會銜內政部修正設置再生能源設施免請領雜項執照標準，增修合法建築物屋頂如有違章建築設置太陽光電發電設備時，不得影響公共安全之條款，惟該條款所定影響公共安全之範圍未臻明確，仍待就地方政府受理免請領雜項執照申請案件作業程序，明定影響公共安全之具體認定標準，俾利確保民眾居住安全，經於107年3月22日函請行政院督促所屬研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，內政部已於107年5月21日訂頒設置屋頂太陽光電免請領雜項執照處理原則，明確規範影響公共安全之範圍(如占用5層以上建築物之屋頂避難平臺、違章建築樓層達2層以上，或其他經市縣政府認定情形)不得設置太陽光電，作為地方政府推動合法建築物屋頂存有違章建築設置光電設施之準據。又據經濟部能源局統計，截至107年9月底止，合法建築物屋頂既有違章建築申請設置太陽光電發電設備15件(容量560.456瓩)，經核准14件(540.576瓩)，已完成併聯1件(容量283.34瓩)，除有益綠能屋頂計畫之後續推動外，並利確保民眾居住安全。