審計部新北市審計處(下稱新北市審計處)查核發現，臺北都會區大眾捷運系統後續路網橫跨臺北市與新北市且已通車營運，惟兩市營收損益拆分機制未定，影響建設經費回收，經函請研謀改善，已協議拆分原則，挹注營運收益。
新北市政府捷運工程局(下稱捷運局)辦理臺北都會區大眾捷運系統後續路網建設計畫，其建設經費包含自償性經費，於興建期間以銀行借款方式籌措，未來透過營運票收及附屬事業收入等財源挹注，期減輕軌道建設之財政負擔。新北市審計處於民國(下同)106年4月查核發現，捷運後續路網橫跨臺北市與新北市，其中新北市境內蘆洲支線與新莊線分別於99年及102年通車營運，惟捷運局迄未與臺北大眾捷運股份有限公司(下稱捷運公司)就已通車路線營收損益拆分機制達成共識，致營運票收等自償性經費61億餘元尚未回收，經於106年5月26日函請研謀改善。
嗣經新北市審計處追蹤改善結果，捷運局與臺北市政府捷運工程局及捷運公司已於106年6月19日召開研商會議，決議由捷運公司提撥營運收入，及臺北都會區大眾捷運系統土地開發基金提撥捷運路網之土地聯合開發效益等財源挹注新北市自償性經費，107年度捷運局已編列歲入預算5億餘元，未來各年度將以此原則協議提撥經費，供持續建設新北市境內捷運。