審計部查核發現，內政部對於非都市土地違規使用情形之控管，主要來源為各地方政府地政單位函報之區域計畫法裁罰案件，尚乏全國違規案件態樣及規模等資料，經函請協調其他主管機關建置違規案件處理完整軌跡，業經該部邀集相關機關研商，針對依不同法源所裁處違規案件建立通報機制，以全面掌握並落實追蹤改善。
內政部對於非都市土地違規使用案件之掌控，主要來源為各地方政府地政單位定期函報區域計畫法裁罰案件，至一行為違反數個行政法上義務，由地政以外機關依權責及主管法令處罰案件；或違規使用土地經依區域計畫法裁罰，嗣移送其他機關續處案件，地政單位均未能掌握其改善情形。政府尚乏全國非都市土地違規使用態樣及規模等資料，尚待主管機關協調各機關建置完整軌跡，並落實追蹤改善，促進土地合法利用，增進公共利益。審計部經於民國（下同）104年5月間函請內政部研議改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，內政部於104年8月起進行「土地使用圖資整合應用系統」改良，運用空間地理資訊掌握非都市土地違規分布情形，以利追蹤改善，並於105年5月9日邀集中央及地方政府相關機關召開「非都市土地違規使用查處作業相關事宜檢討會」，經決議：請地方政府訂定一行為違反數行政法規定案件權責劃分與作業規定、非都市土地違反區域計畫法案件權責劃分規定；各主管機關就違反區域計畫法、其他機關依權責及主管法令處罰等案件，研議建置案件處理完整軌跡，以落實追蹤改善，並定期將報表函送中央主管機關副知內政部。截至106年底，中央相關主管機關及全國有非都市土地之18個市縣政府已全數完成相關法令訂定，並將全國裁處資料登錄於內政部「土地使用圖資整合應用系統」，該系統具備違規案件舉發與查處之建檔、統計報表填送與後續稽催管理功能，有助建立各市縣政府辦理非都市土地違規使用案件之完整軌跡，落實追蹤改善。