雲林縣環境保護局(下稱環保局)辦理水污染源稽查管制暨申報許可資料管理計畫情形，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，部分列管之水污染防治事業，逾期未申報廢(污)水排放檢測資料，或廢（污）水排放許可文件已逾期，未申請許可展延或變更等情事，經函請檢討改善，已依規定查處並輔導業者完成申報等事宜，健全管理作業。
審計室指出，水污染防治法第14條、第21條及第22條規定，事業排放廢(污)水於地面水體者，應申請排放許可或簡易排放許可；事業或污水下水道系統應設置廢(污)水處理專責單位或人員；事業應依主管機關規定之頻率，向縣(市)主管機關申報廢(污)水處理設施操作及放流水水質水量檢驗測定等資料。
然而，審計室於111年3月查核發現，環保局依水污染防治法列管之轄內事業，逾期未辦理水質檢測等申報者計32家；排放許可證或搭排許可文件逾期仍排放廢(污)水者計55家；未依規定設置廢(污)水專責人員者計9家，惟環保局未通知業者改善或依規定妥處，審計室遂於111年5月函請環保局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保局已自111年6月起陸續派員現地稽查業者排放廢(污)水或專責人員設置情形，截至112年4月底已全數稽查完竣，裁處違規業者計26萬元，並輔導業者完成補正申報等事宜。另運用前行政院環境保護署(於112年8月22日改制為環境部)建置之「事業及污水下水道系統廢(污)水管理系統」，強化許可管制效能，並於112年5月針對列管事業辦理廢(污)水排放管制及申報等相關法規宣導會，以健全管理作業。