審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府經濟發展局(下稱經發局)掌理商業登記管理業務，未能積極清查輔導營業中之商號辦理商業登記，經函請檢討改善，截至民國(下同)107年12月底，該局已積極清查9千餘家，清查率逾七成，完成輔導補辦商業登記2千餘家(占29.69％)，以健全商業管理作業。
依商業登記法第4條及第31條規定，除小規模商業外，非經所在地主管機關登記，不得成立；未經設立登記而以商業名義經營業務或為其他法律行為者，該主管機關應命行為人限期辦妥登記。經發局為該項業務主管機關，並接受經濟部委辦公司管理事項，每年度編列預算約8百餘萬元，辦理商業登記等服務民眾業務。臺南市審計處106年10月查核，將經發局截至106年9月底止已辦理商業登記計62,625家列管資料，與財政部南區國稅局(下稱國稅局)列管之臺南市營業稅籍登記商號清冊勾稽結果，發現國稅局列為正常營業狀態之商號，未於經發局辦理商業登記者計有12,830家，約為已登記之20.49％，顯示該局未能積極辦理清查，致未能確實掌握全市整體之商業現況，以有效管理，經於107年1月函請經發局檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，經發局已投入人力時間積極辦理商號清查作業，輔導業者補辦商業登記，107年度計清查9,681家，清查率達75.46％，其中已完成輔導補辦商業登記2,874家(占清查數29.69％)，無須辦理商業登記者6,807家(非屬商業登記法所轄範圍或現況非營業中等情)，其餘3,149家將持續辦理清查作業，並依規定輔導業者辦理商業登記，以健全商業管理作業。