所得稅法規定，個人綜合所得列舉扣除醫藥及生育費（下稱醫藥費），以支付與公立醫院及全民健康保險特約醫療院、所等之醫療費用為限，如領有保險給付，應減除保險給付後申報扣除。審計部查核發現，財政部所屬各國稅局未落實蒐集醫療保險給付資料，綜所稅醫藥費列舉扣除額長期溢列，經函請財政部檢討改善，已促請保險公司自113年起定期上傳保險給付資料，有效提升稽徵效能。
審計部指出，財政部自98年度起，建立綜合所得稅扣除額單據電子化交換機制，各醫療院所、保險公司於每年3月透過財政部電子申報繳稅服務網上傳醫療保險收費明細資料，並由財政資訊中心於賦稅資訊系統建置醫藥費及保險憑證資料庫，供各國稅局作為查審個人列舉扣除額之參考。
然而，審計部於110年9月查核發現，上開保險憑證資料庫僅限被保險人繳納保險費情形，尚乏保險給付資料，各國稅局針對個案是否領有保險給付，仍需逐案向保險公司付費函查，徒增稽徵作業與審核時程，並增加經費支出，審計部遂於111年2月函請財政部督促檢討妥處。
審計部表示，經追蹤改善情形，財政部已督導各國稅局與中華民國人壽保險商業同業公會洽商資料提供事宜，各保險公司同意自113年起，於每年3月將前一年度保險給付資料上傳至財政部電子申報繳稅服務網「扣除額電子資料交換系統」。經財政部統計，113年計有保險公司21家，共上傳1,669萬餘筆資料，供各國稅局查核運用，大幅提升查審效能。