臺灣港務股份有限公司（下稱臺灣港務公司）辦理「高雄港客運專區建設計畫」，經審計部交通建設審計處查核發現，該公司污染場址處理情形有欠周妥，影響計畫期程及觀光效益之達成，經函請交通部督促檢討改善，已強化港區相關污染管理機制及計畫進度管控措施，整體工程於113年2月完工。
審計處指出，臺灣港務公司為吸引國際大型郵輪靠泊高雄港，帶動南部地區觀光旅遊產業發展，於高雄苓雅商港區第19至20號碼頭後線基地，辦理「高雄港客運專區建設計畫」，興建高雄港旅運中心及建構現代化國際旅運設施等，總經費45億1,700萬元，計畫期程為99至110年度，預計完成後每年新增旅客最高可達29萬餘人次，增加觀光效益6億3,616萬餘元。
然而，審計處於104年3月查核發現，該計畫場址原出租予臺灣中油股份有限公司（下稱中油公司）高雄煉油廠，該廠退租時，臺灣港務公司未依契約規定要求中油公司處理土壤油污污染問題，即同意點交，亦未依政府公共工程計畫與經費審議作業要點規定，辦理土壤污染調查、試驗及研擬污染處理計畫，開工後因須優先處理土壤污染問題，肇致工程延宕等情事，審計處遂於104年6月函請交通部查明妥適處理。
審計處表示，經追蹤改善情形，臺灣港務公司已強化港區污染風險區域管理機制及計畫進度管控措施，污染場址於107年4月業經公告解除，高雄港旅運中心並於113年2月底完工驗收，預估113年度靠泊郵輪可達31航次，有助帶動南部觀光產業發展。