金門縣稅務局(下稱稅務局)辦理房屋稅稽徵作業，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，部分未依實際使用情形核課房屋稅，經函請檢討改善，已釐正稅籍資料，依法補徵稅款計23萬餘元，以維護租稅公平。
審計室指出，依據金門縣房屋稅徵收率自治條例第2條規定，房屋稅率之課徵，供營業、私人醫院、診所或自由職業事務所使用房屋，按其現值課徵3％；住家用房屋為供自住或公益出租人出租使用者，按其現值課徵1.2％；其他供住家用房屋，按其現值課徵1.5％；供人民團體等非營業用房屋，按其現值課徵1.5％。復依財政部69年7月16日台財稅字第35758號函釋略以，房屋凡供營業用者，不論營利事業有否取得執照，均應按營業用稅率課徵房屋稅。
然而，審計室於112年10月查核發現，金門縣部分出租房屋仍按自住稅率課徵房屋稅，部分營業用房屋、診所、自由職業事務所、補習班等，及觀光處已列管輔導之未合法民宿等，均未依營業用稅率課徵房屋稅，顯示稅籍資料列管欠周延，影響房屋稅核課之公平性及稅收減損，審計室遂於113年1月函請稅務局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，稅務局已於113年6月完成稅籍清查及釐正稅籍資料，並依法補徵房屋稅116筆、稅額計23萬餘元，將持續加強房屋稅籍清查作業，以維護租稅公平。