屏東縣政府環境保護局(下稱環保局)建置東港民治溪等6處人工濕地，期藉由生態工法以自然淨化方式處理生活污水或畜牧廢水，提升河川水質環境及保護生物多樣性，經審計部臺灣省屏東縣審計室查核發現，東港民治溪人工濕地放流水之污染物檢測值高於進流水，經函請檢討改善，已向附近農民加強宣導濕地功能及水質重要性，並加強巡查、維護處理設施效能，已大幅降低放流水污染物檢測值，減輕河川水質受污染程度。
審計室指出，依環境基本法第18條規定，政府應積極保護森林、潟湖、濕地環境，維護多樣化自然環境，並加強水資源保育工作。臺灣永續發展目標第6項核心目標「確保環境品質及永續管理環境資源」，其具體目標6.3揭櫫「改善民眾居住衛生，提升河川水質」。屏東縣為農業大縣，縣境東港溪流域河川水體受流域內生活污水及畜牧廢水影響，環保局為減輕東港溪水質污染問題，向前行政院環境保護署(112年8月22日改制為環境部)爭取補助興建東港溪民治溪排水自然水質淨化現地處理工程，於106年完工啟用。
然而，審計室於112年9月查核發現，東港民治溪人工濕地之水質污染物採樣結果，80％檢測數值呈現放流水之生化需氧量(BOD)及懸浮固體(SS)濃度均高於進流水情形，顯示該濕地淨化水質效能不彰，審計室遂於112年11月函請環保局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保局已檢討問題癥結，並向東港民治溪人工濕地附近農民加強宣導該濕地功能及水質重要性，協同屏東縣政府農業處組成稽查小組，加強巡查暨維護處理設施效能。113年3月採樣結果，濕地進流水之生化需氧量(BOD)濃度由9.4mg/L降至放流水之3.8mg/L，進流水之懸浮固體(SS)60.8mg/L降至放流水之30.2mg/L，減輕河川水質受污染程度，維護環境品質。